Les réseaux ont envahi le monde et leur développement a atteint son point culminant. Dans cet âge, il existe deux mondes : « le réel » et « le câblé », c'est à dire le monde virtuel du réseau.

Soma Toru appartient à un groupe de pirates, Steppen Wolf, qui parcours le monde du réseau librement. Décidant d’arrêter leurs actions, ils attaquent la base de données des forces de l'ONU pour finir en beauté. Pendant cette attaque, Toru perd Nonomura Yuya, son ami aussi bien que le chef de son équipe et est arrêté par l'armée. En échange de sa liberté, il doit travailler pour une organisation d'anti-pirates, le premier peloton du bureau d'administration de l'information des forces de sécurité de l'ONU.

Travaillant pour eux, il recherche la personne qui a tué son ami, tandis que les autres membres ont également leur propre raison de combattre.

La guerre ne s'arrête jamais : à toutes les époques, sur un champ de bataille different, ils se cachent profondément dans les plis de l'histoire. Ils sont appelé les Chiroptères. Ils peuvent changer de forme et prendre celle des humains mais n'en sont pas. Ce sont des créatures immortelles assoiffées de sang.

Une organisation nommée Red Shield, combat pour exterminer cette peste, et la lutte a pris une toute autre échelle.

Okinawa, Japon. Année 2005. Aujourd'hui.

Saya Otonashi est une lycéenne vivant paisiblement avec sa famille... à une exception : elle n'a aucune mémoire de sa vie excepté la dernière année. Un jour, un événement effrayant va briser sa vie heureuse en morceaux.

Un ennemi à détruire, une mission à accomplir... le vortex d'une lutte antique enchaîne de nouveau Saya à son destin. Un jeune et beau joueur de violoncelle dans des vêtements sombres apparaît... son nom est Hagi. Il remet à Saya une épée japonaise, L'histoire prend un nouveau cours.

Saya aura-t-elle la volonté de reconstituer sa mémoire, et de retrouver sa propre identité ?

Tomoya Okazaki est en troisième année de lycée dans une petite ville du Japon. Arrivant toujours en retard en cours, il est considéré comme un cancre par ses camarades de classe qui eux, préparent leurs examens. Il a donc peu d'amis.

Tomoya se considère lui-même ainsi jusqu'à ce qu'il rencontre une jeune fille nommée Nagisa Furukawa qui elle aussi est seule et sans amis, les siens ayant tous eu leur diplôme.

Tomoya la considère d'abord comme une fille maladroite, mais ne pouvant la laisser seule, il se décide à l'aider, ce qui va lui faire rencontrer d'autres filles et l'aider à ouvrir son cœur...

Raconter des histoires de fantômes est le passe-temps favori de Mai Taniyama et ses amies jusqu'à ce qu'elle rencontre Kazuya Shibuya, 17 ans, l'homme envoyé par le Shibuya Psychic Research Center afin d'enquêter sur les activités paranormales de l'ancien bâtiment de l'école supposé hanté.

Quand Mai se retrouve dans une situation dangereuse, elle est sauvée par l'assistant Kazuya. Celui-ci blessé dans le sauvetage est incapable de bouger. Kazuya exige donc que Mai remplace son assistant...

Takemoto, un jeune garçon, habite dans un dortoir avec d'autres étudiants, dont Mayama, son senpai le plus proche et le plus studieux, et Morita tout son contraire.
Bien qu'étant le plus âgé de tous, Morita est tire au flan et fait ce qui lui plaît, disparaissant aussi vite qu'il est arrivé pendant quelques jours et revenant toujours étrangement plein aux as...

Côté filles, on retrouve Yamada, une jeune fille mignonne, proche de Mayama, et surtout Hagu, jeune fille de 18 ans "kawai", cousine d'un de leur professeur.
Son arrivée bouleversera Takemoto et Morita.
Ce dernier faisant d'elle son gagne pain!

Haruhi Suzumiya, lycéenne de son état, ne trouvant aucun intérêt à la race humaine, décide de monter un club sur la recherche d'extraterrestres, d'esper et de voyageurs du temps.
Elle embarque dans son projet Kyon, un camarade de classe peu chaud pour cette aventure, mais néanmoins seule personne avec qui elle discute.

Haruhi recrute alors, d'autres membres de façon assez cavalière et lance les premières activités du club. Se trouvent embringués dans la tourmente Yuki Nagato, seule membre du club de littérature dont la salle a été réquisitionnée par Haruhi, Mikuru Asahina, jeune fille craquante à la poitrine généreuse et Itsuki Koizumi nouvel élève récement transféré.

Tout irait pour le mieux si chacun de ces membres était tout à fait normal, ce qui n'est vraisemblablement pas le cas.

AVERTISSEMENT : l'ordre des épisodes de cette série est très particulier. Celle-ci a en effet été diffusée dans un ordre qui n'est pas l'ordre chronologique de l'histoire. Ceci est voulu par les créateurs, veillez donc à respecter cet ordre.
En fin d'épisode, Haruhi annonce les épisodes en ordre chronologique et Kyon en ordre de diffusion. Notre numérotation respecte l'ordre de diffusion.

Yorito Morimiya a pour passion les photographies du ciel, à tel point qu'il va jusqu'à se lever à 4 heures du matin pour prendre des photos du soleil levant.

C'est là qu'il rencontre Matsuri Shihô, une étrange jeune fille qui tente en vain de récupérer une cannette bloquée dans un distributeur. Yorito décide de lui donner un coup de main, mais quand il parvient enfin à récupérer la boisson, la jeune fille a mystérieusement disparu...

Shinjuku, la ville qui a oublié la nuit.

Les humains vivant dans l'insouciance, en ont oublié l'existence des démons dans leur ville.

L'ordre entre le monde des humains et celui des démons, liés depuis des temps anciens, est protégé par Yurine et Karas, mais cet équilibre est perpétuellement menacé.
Karas, qui a sans aucun doute été choisi pour devenir le serviteur de la ville, a été désigné par le kaikô (le service funéraire bouddhiste) pour venger les humains, car d'étranges meurtres se succèdent en ville.
D'après ce dernier tout est l'oeuvre des démons mécaniques appelés Mikurashû qui possèdent maintenant de nouveaux corps.

Deux Hommes descendent a la gare de Shinjuku. L'un d'entre eux, Wu, est un inspecteur de la police d'élite, et envoyé par le bureau central afin de résoudre le mystère de ces abominables meutres.
L'autre, Nue (un homme a tête de singe, corps de blaireau, membres de tigre et queue de serpent) n'est autre qu'un démon nomade qui est revenu pour tuer le Kaikô.

Contrairement à Wu qui ne peut même pas entrevoir la possibilité d'une solution à ces évennements car il ne croit pas aux démons, Mue pourchasse le Kappa, Mikurashû.

Mais au moment où Nue va atteindre sa cible, Yurine et Karas apparaissent, eux les gardiens d'une ville nouvelle...

Shaolan, fils d'archéologue, poursuit le travail de son défunt père.
Un jour comme les autres, son amie Sakura, princesse du pays de Clow, lui rend visite.
Les fouilles où Shaolan travaille se mettent à trembler, une porte des dimensions s'ouvre, et des ailes jaillissent du dos de Sakura.
Soudainement, leurs plumes s'éparpillent dans de multiples dimensions, et la porte se referme.
Désespéré, Shaolan part chercher conseil auprès de la Sorcière des dimensions.
Cette dernière lui annonce qu'il devra retrouver toutes les plumes du destin afin de sauver sa bien-aimée.

Accompagné de Kurogane le guerrier, et de Fye le sorcier, il n'aura de cesse de parcourir les mondes à leur recherche.
Aidés de Mokona, qui leur garanti la circulation entre les dimensions, ils croiseront la route de nombreux personnages des oeuvres de Clamp et poursuivront ainsi leur quête.
Mais chacun devra payer le prix pour y arriver...